Entre las joyas realmente incomparables y preciosas de este templo, está la Capilla de Nuestra Señora del Rosario, sobre el costado sur de la nave central.

Hasta hace cerca de medio siglo, se encontraba en el pavimento de entrada a esta capilla, una hermosa lápida alrededor de la cual y encerrando figuras simbólicas, leíamos la siguiente inscripción: «Esta capilla y enterramiento es de el Capitán García Arias Maldonado, y de sus hijos y herederos. Falleció el año de 1568...». Fue trasladada y empotrada en el costado derecho de entrada, antes del cancel.

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La iglesia colonial fue construida en el año 1600 por orden de la familia Sanabria. En el siglo XX se destruyó para construir la nueva Iglesia de Las Nieves, que conserva algunos altares y cuadros del templo colonial.

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El Templo de San Francisco y el Convento bajo la advocación de Santa María Magdalena fueron construidos en la década de los Setenta del Siglo XVI; los trabajos se iniciaron en el año 1572, con la ayuda de la Comunidad de los Franciscanos, la Corona Real, los encomenderos tunjanos y nativos de la región. Es uno de los templos más antiguos de la ciudad de Tunja.

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Es la ermita más antigua construida en Tunja en 1566. El Cabildo de Tunja ordenó la construcción de una capilla posa a la orilla del camino que conducía de Tunja a Santafé. El Arzobispo Luis Zapata de Cárdenas la bendijo en 1574. En 1635 fue entregada a los religiosos Agustinos Recoletos, quienes estuvieron allí hasta mediados del Siglo XIX. 

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Corresponde a la Compañía de Jesús que llegó a Tunja en el año 1611 en el Siglo XVII. En el año 1614 estuvo en Tunja San Pedro Claver, en su año de probación, pues este Convento Jesuíta tuvo importancia a nivel nacional.

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