El Templo de San Francisco y el Convento bajo la advocación de Santa María Magdalena fueron construidos en la década de los Setenta del Siglo XVI; los trabajos se iniciaron en el año 1572, con la ayuda de la Comunidad de los Franciscanos, la Corona Real, los encomenderos tunjanos y nativos de la región.
Es uno de los templos más antiguos de la ciudad de Tunja. El estilo mudéjar se puede apreciar en el Claustro en las arcadas de medio punto, levemente tímidas cuyo trazado se aproxima al de la herradura, sustentadas sobre columnas y cornisas de piedra labrada, esbelto sobre manera, gracias al contraste de sus dos pisos, el primero más alto que el segundo y éste descansando sobre capiteles típicos de la arquitectura toscana, según Fray Tarcisio Sarmiento León OFM, "le dio peculiar originalidad y belleza respecto de otras edificaciones coloniales del lugar”.
"El Convento de San Francisco fue uno de los más importantes del Nuevo Reino de Granada. En el Siglo XVI se convirtió en centro evangelizador desde Tunja a la región de su influencia, en las doctrinas de Motavita, Firavitoba, Iza, Socotá, Tota, Toca, Cuítiva, Sogamoso y Monguí. En este Convento existió Casa de Estudios y Noviciado. Allí estuvo el cronista indiano Fray Pedro Simón, autor de su célebre obra Noticias Historiales, una de las más importantes para el estudio de la conquista y colonización del Nuevo Reino de Granada.
Una de las joyas arquitectónicas más bellas de la Iglesia es la portada en piedra, cuyos soportes los integran dos pilastras donde descansa un arco de medio punto, en cuya clave está esculpido un bajo-relieve una cruz con el monograma JHS. También se encuentra un escudo de la Comunidad Franciscana, con adornos en su bordura de reminiscencia gótica.
En la sacristía se encontró un retrato al óleo con la inscripción: "M.R.P. Fr. Luis Mayorca, fundador de esta Iglesia y Convento de Santa María Magdalena de Tunja, 1572".
Los más hermosos altares con tallas en madera se encuentran en el Templo de San Francisco en Tunja; uno de ellos es el Altar de los Pelícanos, elaborado en el Siglo XVIII por el maestro Pedro Caballero; corresponde a esta obra de arte, el Altar de Nuestra Señora de las Angustias.
Una de las joyas escultóricas más hermosas de la Iglesia es la Estatua de San Francisco, considerada como una maravilla de Tunja. Esta obra de origen sevillano tiene incrustaciones de rubíes que representan los estigmas del costado, las manos y los pies. Entre sus obras pictóricas destacamos la pintura de Santa María Magdalena del maestro italiano Angelino Medoro. Otras obras valiosas son: El lienzo de San Pedro de Alcántara, la colección de los doce apóstoles en óleo, la bella obra de San Roque del artista Medoro y otras. En el Museo de San Francisco se encuentran numerosas obras escultóricas y pictóricas que se han conservado a través de los años.
El Convento de San Francisco tuvo numerosas vicisitudes desde la segunda mitad del Siglo XIX, después de las leyes de la desamortización de Bienes de Manos Muertas. Los Padres Franciscanos fueron expulsados del Convento y el claustro fue destinado en cuartel del Batallón Bolívar; posteriormente fue destinado para sede de la Escuela Normal de Señoritas de Tunja, y más tarde cedido a la Beneficencia de Boyacá, para ser demolido en su mayor parte, y en la cual se construyó el Hotel Hunza en el año 1965. Parte del Convento se salvó de la piqueta, por estar en posesión de los Franciscanos y al servicio del templo. Una gran polémica desató en Tunja y en Colombia la demolición del Claustro de San Francisco de Tunja; sin embargo, la destrucción se hizo en gran parte, y de sus ruinas surgió una construcción moderna que ha servido para el turismo nacional e internacional.
Con ocasión del Quinto Centenario de la Evangelización en América en el año 1992, los Padres Franciscanos hicieron una restauración de acuerdo con las nuevas tendencias, como las que hoy conocemos sobre el Claustro y el Templo, uno de los más antiguos de Tunja.
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